Grup maçlarının 20 Eylül’de başlayacağı Avrupa Ligi’nde iki sarı-lacivertli ekip 25 Ekim 2012’de Güney Kıbrıs’ta, 8 Kasım 2012’de de İstanbul’da karşı karşıya gelecek. Grupta Fransa temsilcisi Marsilya ile Şampiyonlar Ligi’ne eleme turunda veda eden Alman takımı Mönchengladbach da bulunuyor
Avrupa Ligi'ndeki tek temsilcimiz Fenerbahçe'nin grubu ve rakipleri belli oldu. Sarı lacivertliler, C Grubu'nda Fransa'dan Marsilya, Almanya'dan Mönchengladbach ve Güney Kıbrıs’tan AEL Limasol ile eşleşti.
Önce Eskişehirspor, ardından da Trabzonspor ve Bursaspor'un elenmesiyle Avrupa Ligi'ndeki tek Türk temsilcisi olarak geriye Fenerbahçe kalmıştı. Şampiyonlar Ligi play-off turunda Spartak Moskova'ya elenen sarı lacivertliler, Avrupa Ligi gruplarının yolunu tutmuştu.
Avrupa Ligi'nde grup kuraları Monaco'da çekildi. Kupadaki tek temsilcimiz Fenerbahçe C Grubu'nda Marsilya, Mönchengladbach ve AEL Limasol ile eşleşti.
Avrupa Ligi'nde gruplarında ilk iki sırayı alan takımlar bir üst tura çıkacak, 3. ve 4. olanlar ise elenecek.
20 Eylül'de başlayacak grup maçları 6 Aralık'ta son bulacak ve takımlar toplam 6 maç yapacak.
Final 15 Mayıs 2013'te Amsterdam'da oynanacak.
Fenerbahçe'nin fikstürü belli oldu
1.Maç: 20 Eylül 2012
Saat 20:00: Fenerbahçe-Marsilya
2.Maç: 04 Ekim 2012
Saat 22:05: B. M'Gladbach-Fenerbahçe
3.Maç: 25 Ekim 2012
Saat 22:05: AEL Limasol-Fenerbahçe
4.Maç: 8 Kasım 2012
Saat 20:00: Fenerbahçe-AEL Limasol
5.Maç: 22 Kasım 2012
Saat 22:05: Marsilya-Fenerbahçe
6. Maç: 6 Aralık 2012
Saat 20:00: Fenerbahçe-B. M'Gladbach
Avrupa Ligi'nde gruplar şöyle oluştu:
A Grubu
Liverpool
Udinese
Young Boys
Anzhi Makhachkala
B Grubu
Atletico Madrid
Hapoel Tel Aviv
Viktoria Plzen
Academica
C Grubu
Marsilya
Fenerbahçe
B. Mönchengladbach
AEL Limassol
D Grubu
Bordeaux
Club Brugge
Newcaste United
Maritimo
E Grubu
Stutgart
Kopenhag
Steaua Bükreş
Molde
F Grubu
PSV Eindoven
Napoli
Dnipro
AIK Stockholm
G Grubu
Sporting Lisbon
Basel
Genk
Videoton
H Grubu
Inter
Rubin Kazan
Partizan
Neftchi Bakü
I Grubu
Lyon
Athletic Bilbao
Sparta Prag
Hapoel Kiryat
J Grubu
Tottenham
Panathinaikos
Lazio
Maribor
K Grubu
Bayer Leverkusen
Metalist Kharkiv
Rosenborg
Rapid Wien
L Grubu
Twente
Hannover
Levante
Helsinborg